Napoléon émet un décret prévoyant, dans son article 2, « qu'il sera formé au 15 juillet prochain, dans notre bonne ville de Paris, une assemblée d'individus professant la religion juive et habitant le territoire français ». L'assemblée juive réunira 95 députés nommés par les préfets au niveau des départements. 16 représentants des Juifs du royaume d'Italie complèteront l’effectif.

Pour remercier Napoléon de la création du Grand Sanhédrin et du prestige qui retombe sur les Juifs, une prière est récitée pour l’empereur : « Béni soit à jamais le Seigneur Dieu d'Israël, qui a placé sur le trône de France, un prince selon son cœur. Dieu a vu l'abaissement des descendants de l'antique Jacob et a choisi Napoléon le Grand pour être l'instrument de sa miséricorde. À l'ombre de son nom, la sécurité est rentrée dans nos cœurs et nous pouvons désormais bâtir, ensemencer, moissonner, cultiver les sciences humaines, appartenir à la grande famille de l'État, le servir et nous glorifier de ses nobles destinées. ».

Afin de favoriser l’intégration des Juifs à l’empire, Napoléon avait pensé ressusciter le « grand Sanhédrin », qui servait de Cour suprême du peuple juif dans les dernières décennies du deuxième Temple et après. Il entend créer, à partir du Sanhédrin, le Consistoire Central des Juifs de l’Empire, organisation qui représentera tous les Juifs de l’empire devant l’empereur, et réformera la vie juive en la réorganisant selon des principes qui seront arrêtés par l’empereur. La première réunion du « grand Sanhédrin » a lieu le 9 février 1807, dans la liesse. 45 rabbins et 26 laïcs composent le Sanhédrin, institution que Napoléon a auréolé de gloire avant même de l’avoir fait naître. C’est le rabbin alsacien David Sinzheim qui le dirigera à ses débuts. Pourtant, le Sanhédrin est loin de faire l’unanimité. Les souverains conservateurs d’Europe y sont fermement opposés. En Russie, on octroie à Napoléon la réputation d’Antéchrist. Le Synode de Moscou écrit : « Dans le but de détruire les bases des églises de la chrétienté, l'Empereur des Français a invité dans sa capitale toutes les synagogues judaïques, et il a le projet de fonder un nouveau Sanhédrin hébreu, qui est le même tribunal qui osa jadis condamner à la croix le Seigneur Jésus. » En Autriche, en Prusse, en Italie, en Grande Bretagne, les réactions sont également négatives. L’impopularité du Sanhédrin dans les pays conservateurs explique peut- être le retour en arrière de Napoléon sur le statut des Juifs et l’émission un an plus tard des décrets infâmes.

L’assemblée des Juifs convoquée par Napoléon lui remet ses réponses, qui montrent clairement le patriotisme du judaïsme français, tout en ne renonçant pas aux principes du judaïsme où la préférence va clairement vers des mariages endogames. Dans leurs réponses, les Juifs mentionnent notamment qu’ils ont le devoir de défendre la France « jusqu’à la mort ».

Napoléon reçoit le banquier Furtado et Maurice Levy de Nancy qui lui font part de la vive émotion de la communauté Juive devant les décrets. Napoléon les fera immédiatement annuler dans 13 départements du midi, du sud-ouest et des Vosges. En Juin, il les fait annuler à Livourne et en basse pyrénées.

Emission des règlements du consistoire et de décrets concernant l’organisation de la communauté juive. Ces règlements restreignent les droits des Juifs et resteront connus sous le nom de « décrets infâmes ». Pour intégrer les Juifs à la France, Napoléon veut employer la manière forte : Conscription obligatoire (les Juifs ne peuvent pas, comme les Chrétiens, se faire remplacer à l’armée), encouragement des mariages mixtes, suspension pour dix ans des dettes contractées à l’égard des Juifs (pour les éloigner de l’usure), interdiction de séjourner dans certaines régions, sauf pour devenir agriculteur. Napoléon institue le consistoire, qui organise la vie juive et les synagogues en circonscriptions régionales, chapeautées par un consistoire central responsable devant l’empereur. Contrairement aux cultes catholiques et protestants, les rabbins ne sont pas fonctionnaires d’Etat et sont payés par les prélèvement sur les communautés.

Sous l’influence de Napoléon, le Portugal accorde aux Juifs une liberté totale.